A Független Kisgazdapárt alapjait Nagyatádi Szabó István tette le, aki 1908-ban alapította meg a Somogy megyei Kisgazdák Egyesületét, illetve a Magyarországi Kisbirtokosok Szövetségét majd később, 1909-ben pedig az Országos Függetlenségi és 48-as Gazdapártot. 1918-ban ez utóbbinak elnökévé választották. A Tanácsköztársaság bukása után, az 1920. január 25-26-ára kitűzött nemzetgyűlési választásokon 51,4%-kal abszolút többséget szerzett a párt a Nemzetgyűlésben.
1922-ben Bethlen István későbbi miniszterelnök és hívei, -a Keresztény Nemzeti Egyesülés Pártja (KNEP)- és a Gazdapárt tagjai egyesítették a két pártot így új párt jött létre: a Keresztény-Keresztyén Földmíves-, Kisgazda- és Polgári Párt néven, amelynek ismertebb neve Egységes Párt. Ez lett Magyarország legerősebb pártja és elnöke névlegesen Nagyatádi volt de őt később lemondatták és nemsokára a Gazdapárt elvesztette saját arculatát és teljesen beleolvadt az Egységes pártba.
A Bethlen politikáját már kevésbé illetve nem támogató kisgazdák egy új pártot kívántak létrehozni. 1930. október 12-én, Békésen megalakult a Független Kisgazda-, Földmunkás és Polgári Párt, melynek elnökévé Szijj Bálintot, alelnökévé Tildy Zoltánt , országos főtitkárrá pedig Nagy Ferencet választották. Ez év decemberében egyesültek az Agrárpárttal és így jött létre a Független Kisgazda Földműves és Polgári Agrárpárt, melynek elnökévé Gaál Gasztont, az Agrárpárt elnökét választották. 1931-ben Horthy kormányzó feloszlatta az országgyűlést és választást tűzött ki, amelyen a párt 10 mandátumot szerzett. Gaál Gaszton halála után Eckhardt Tibor lett az elnök. A II. világháború közeledtével Horthy és Teleki Pál miniszterelnök nyomására az USA-ba utazott, hogy kapcsolatokat építsen, de nem tért vissza. A másik kisgazda vezetőt, Bajcsy-Zsilinszky Endrét a nyilasok 1944. november 23-én illegális ellenállás-szervezés gyanújával letartózattak, és december 24-én kivégeztek. A párt megbízott, majd ügyvezető elnöke Eckhardt távozása után Tildy Zoltán lett. Miután a németek 1944. március 19-én megszálták az országot a belügyminiszter március-28.-án feloszlatta a pártot.
Az 1945-ös választásokat a Független Kisgazdapárt nyerte méghozzá elsöprő többséggel a szavazatok 57,03%-ának megszerzésével. A hatalmas győzelem ellenére önálló kormányuk nem lehetett: koalícióra kellett lépniük a Vorosilov marsall vezette Szövetséges Ellenőrző Bizottság, azaz a hazánkban tartózkodó szovjet csapatok bizalmát élvező és Rákosi Mátyás vezette Magyar Kommunista Párttal, valamint a Szociáldemokrata Párttal és Nemzeti Parasztpárttal. A miniszterelnök Tildy lett, de a stratégiai fontosságú tárcákat, így a belügyi- és a pénzügyi tárcát moszkvai nyomásra a kommunisták kapták meg. 1946. február 1-jén kikiáltották a II. Magyar Köztársaságot, amelynek első elnöke Tildy Zoltán lett. A miniszterelnöki posztot a szintén kisgazda Nagy Ferenc kapta meg, aki új kormányt alakított. Az MKP nyomására a Kisgazdapártnak 1946. március 12-én ki kellett zárnia 20 nemzetgyűlési képviselőjét a pártból, akik Sulyok Dezső vezetésével, Magyar Szabadság Párt néven új pártot alapítottak. 1947 február 25-én államellenes összeesküvés vádjával letartóztatták és mentelmi jogának felfüggesztése valamint bírósági ítélet nélkül a szovjet gulagra hurcolták Kovács Bélát, az FKgP főtitkárát. Ezt követően márciusban Pfeiffer Zoltán és 50 képviselőtársa kényszerült kilépni az FKgP-ből, majd egy csoportjuk megalapította a Magyar Függetlenségi Pártot. Május 30-án a Svájcban tartózkodó Nagy Ferencet Rákosi Mátyás fenyegetéssel lemondatta. Utána jóval önállótlanabb, és a kommunistákkal való megegyezésre jobban hajló kisgazda politikus: Dinnyés Lajos lett a miniszterelnök. Tildy próbálta megtalálni a közös nevezőt pártja és a kommunisták között, de nem sikerült. Júniusban Varga Béla, a nemzetgyűlés kisgazdapárti elnöke is nyugatra távozott. 1947. augusztus 31-ére előrehozott választásokat írattak ki, amelyen a Baloldali Blokk az ún. „kékcédulákkal”, illetve a választásokat követően a Választási Bíróságra gyakorolt nyomásgyakorlással a '45-ösnél jobb eredményeket ért el.
Tildyt 1948 júniusában lemondatták, és innen felgyorsult az FKgP teljes hatástalanítása az ún. „szalámi taktikával”, amelynek az lett volna a lényege, hogy a pártot nem egyszerre verik szét, hanem fokozatosan a befolyásosabb politikusok eltávolításával, vagy fenyegetésekkel, zsarolásokkal elérve azt, hogy magukhoz állíttatták őket. Az 1947-es választásokon a párt csak 68 mandátumot szerzett. Júniustól már Dobi István volt a Független Kisgazdapárt elnöke, akiről tudta mindenki hogy erősen kommunistabarát. 1948. április 16-ától december 10-éig földművelésügyi miniszter 1948. december 10-étől 1949. szeptember 5-éig miniszterelnök volt. Az 1949-es választásokon a legtöbb párt a Magyar Függetlenségi Népfrontban (továbbiakban MFN) indult. Kevés sikerrel, mert a már MKP és az SZDP egyesüléséből létrejött MDP 285 mandátumot szerzett a többiek 117-et. A MFN-ben névlegesen a kisgazdákat Dobi képviselte, de a Rákosi-rendszer alatt az FKgP nem működhetett.
Az 1956-os forradalom és szabadságharc kitörésekor indult meg az FKgP újraszervezése. Neves kisgazda politikusok, Tildy Zoltán és Kovács Béla helyet kaptak a második Nagy Imre-kormányban. A rövidéletű harmadik Nagy Imre-kormányba bekerült a szintén kisgazda B. Szabó István is. Az 1956-os októberi forradalom megint felcsillantotta egy független és semleges Magyarország reményét, amely a Kisgazdapártnak is legfőbb célja volt, de aztán ismét sárba tiporták országunkat.
A Kádár-korszakban több kisgazda vezető is találkozott a Hazafias Népfront székházában, az V. kerületi Belgrád-rakpart 24-ben. Amikor már érezhető volt a rendszerváltás szelének közeledte Magyarországon is, a székházban találkozó kisgazdák Pártay Tivadarral együtt kezdték meg az újjászervezést 1988-ban.
1988. november 18-án a Pilvax kávéházban újjáalakult a Független Kisgazda- Földmunkás- és Polgári Párt, amelynek Pártay Tivadar lett az elnöke. 1989. március 19-én a Jurta Színházban megválasztottak egy 25 fős intézőbizottságot és az országos nagyválasztmányt is létrehozták. Június elején ismét egy választmányi ülést tartottak ezúttal Érden. Itt lemondott Pártay Tivadar. Helyébe az addig a 25 tagú intézőbizottság elnöke, Vörös Vince lépett.
Az 1990-es választásokon az FKgP 44 képviselővel jutott be az Országgyűlésbe és a választásokat megnyerő MDF-fel, valamint a KDNP-vel koalíciós kormányt alakított. Az FKgP kapta a földművelésügyi és a honvédelmi tárcát. Az országgyűlési frakció vezetője Torgyán József lett. Később megválasztották Nagy Ferenc Józsefet elnökké és Torgyánt társelnökké, majd később az elnök is Torgyán lett. 1991. november 15-én kettészakadt az FKgP parlamenti frakciója: a frakció nagyobbik fele (a 33-ak), Pásztor Gyula vezetésével, továbbra is a koalíciót támogatta, míg a kisebbik része (a 12-ek), Torgyán József pártelnök vezetésével, különvált. Torgyán 1992. február 21-én bejelentette, hogy a párt kilép a frakcióból, arra hivatkozva, hogy Antall József nem teljesíti a rendszerváltáshoz szükséges intézkedéseket. Február 24-én az addigi 12-ek két tagja átült a 33-akhoz (a sajtóban ezek után 35-ök illetve 10-ek néven emlegették a frakció két részét), és a Torgyán vezette csoport ellenzékbe vonult.
1994-ben a párt csak 26 képviselőt delegálhatott a Parlamentbe, és ellenzékbe szorult. Torgyán energikus fellépése a kárpótlási jeggyel és a földekre kitett licittel szemben igencsak megosztotta a pártot. A párt háromnegyede elfogadhatónak tartotta ezeket ajogszabályokat, de a párt befolyásosabb politikusai a kisebbséget vezető Torgyánnál maradtak. Azonban az FKgP már nem rendelkezett a frakcióalakításhoz szükséges 10 mandátummal, de ez nem jelentett problémát hiszen csatlakoztak a Szabadságpártbólis, és csatlakozott még G. Nagyné Maczó Ágnes is, aki az MDF-ből lépett ki, és akit a párt alelnökévé választottak. A Torgyán felesége által vezetett Magyar Jövő Pártja sem indult az 1994-es választásokon, hanem az FKgP-t támogatta.
1998-ban került be a párt utoljára a Parlamentbe -napjainkig-, 48 képviselővel és ismét kormányra került az MDF-fel és a választásokat nyerő Fidesszel. A kisgazdák 4 tárcát kaptak. 1998-ban az FKgP 82 jelöltjének a visszalépése döntő tény volt a Fidesz választási győzelmében. Torgyán József földművelési és vidékfejlesztési miniszter lett, s a párt megkapta a honvédelmi-, a környezetvédelmi tárcát és egy tárca nélküli miniszteri bársonyszéket. A koalíciós szerződés értelmében a köztársasági elnökszemélyére az FKgP tesz majd javaslatot. 2000-ben a párt Mádl Ferencet jelölte ki a tisztség betöltésére. A kisgazda miniszterek munkáját látványos botrányok kísérték (családtagok kinevezése, utazások, Torgyán József FTC-elnöksége, agrártámogatási pénzek felhasználása, pazarlás), melyek megingatták mind a párt tekintélyét, mind Torgyán pozícióját, akit a kisgazda nagygyűlés 2000 májusában még hűségnyilatkozatokkal kértek fel köztársasági elnöknek (amit Torgyán elutasított), egyben az FKgP alapszabályát úgy változtatták meg, hogy Torgyán szinte elmozdíthatatlan legyen az elnöki székből. A 2000 őszén induló, Torgyán József elnevezésével: "lejáratási kampány" (Székely-ügy, Torgyán-villa), majd a december végi gödi gyűlés határozatai (párt vidéki szárnyának erősítése) után 2001 elején az FKgP frakció egy része szembefordult Torgyánnal. Lányi Zsolt és Pokol Béla is lemondott a frakcióelnök-helyettesi tistségéről, majd megalakult a frakción belüli polgári platform (Bánk Attila, Pokol Béla, Turi-Kovács Béla, Boros Imre, Horváth Béla, Várhelyi András). Maga Torgyán József is lemondani kényszerült miniszteri pozíciójából, ahova utódjául nem sikerült elfogadtatnia jelöltjét, Gyimóthy Gézát. Ezt követően kizárások és tagfelfüggesztések követték egymást, Torgyánnak a frakcióelnökséget sem sikerült visszaszereznie, jelöltje Szentgyörgyvölgyi Péter pedig nemsokára szintén a "lázadókhoz" csatlakozott. A tragikomédia csúcsa az ugyanazon a napon, két helyszínen megtartott májusi nagygyűlés volt. Cegléden - botrányos körülmények között megtartott gyűlésen - Torgyán Józsefet ismét megerősítették elnöki pozíciójában és rehabilitálták a korábban kizárt G. Nagyné Maczó Ágnest is. Az ellentábor Budapesten Lányi Zsoltot választotta meg párelnöknek, ám bejegyzését aFővárosi Bíróság elutasította. 2001 nyarán több kisgazda szervezet alakult az FKgP ellen, eleinte egyesületi formában: Reform Polgári Egyesület (Lányi Zsolt), Független Kisgazdák Demokratikus Szövetsége (Szabó János, Turi-Kovács Béla). Augusztusban a kiváró Lányit megelőzve a volt budapesti elnök, Liebmann Katalin létrehozta a Reform Kisgazdapártot, mely az ősz folyamán a Cseh Sándor vezette, 1999-ig a MIÉP-pel kapcsolatban álló Kisgazda Szövetséghez közeledett, a választásokon azonban külön indultak. Lányi Zsolt a visszavonulás mellett határozott. Az Orbán Viktort támogató 14 kisgazda, élükön Túri-Kovács Bélával - az MKDSZ mintájára - megalakította a Kisgazda Polgári Egyesületet, így a Fidesz színeiben indulhattak a választáson. Az utolsó botrány 2002 februárjában tört ki, ugyanis a párt - bár visszavásárlási joggal – eladta Belgrád rakparti székházát Szeremlei Huba vállalkozónak. Az országos listán Torgyán József elnök, Gyimóthy Géza főtitkár, G. Nagyné Maczó Ágnes alelnök, Gidai Erzsébetközgazdászprofesszor (2002-ig MIÉP képviselő) és Béres Béla alelnök állt az első öt helyen. A budapesti lista élén Korényi Attiláné budapesti elnök, országos főtitkárhelyettes állt. Az FKgP 2002-ben már nem jutott be a Parlamentbe, 0,75%(I. forduló) illetve 0,02%-kal(II. forduló) kiesett onnan.